Sekolah Kebangsaan Sungai Lokan adalah lanjutan dari sekolah rendah di Kampung Pintasan yang dibuka buat pertama kalinya pada tahun 1949 di bawah kelolaan Native Volunter School (NVS). Guru besar pada masa itu ialah Encik Yunus. Walau bagaimanapun NVS di Kampung Pintasan ini telah ditutup pada tahun 1952 atas sebab-sebab yang tidak dapat dielakkan.
Pada tahu 1961, sebuah sekolah rendah telah ditubuhkan semula di kampung Pintasan yang pada masa itu disebut sebagai Government Primary School (GPS) bagi menggantikan NVS yang telah ditutup. GPS Kampung Pintasan ini kemudian ditukar nama menjadi SRK. Pintasan pada akhir tahun 1960-an.
Pada November 1973, SRK Pintasan telah ditutup kerana perpindahan penduduk Kampung Pintasan ke Kampung Bukit Garam dan Kampung Sungai lokan. Ketiadaan sekolah rendah di Kampung Pintasan menjadi masalah kepada penduduk di Kampung Sungai Lokan yang sebelum itu menghantar anak-anak mereka bersekolah di SRK Pinatasan.
Menyedari hakikat ini , penduduk Kampung Sungai lokan melalui wakil rakyat mereka pada musim itu, telah merayu kepada Jabatan Pendidikan Sabah agar sebuah sekolah dapat diwujudkan dengan segera di Kampung Sungai Lokan. Memandangkan masalah yang dihadapi oleh penduduk Kampung Sungai Lokan ini, Jabatan Pendidikan Sabah telah mengambil tindakan segera menubuhkan sebuah sekolah rendah di Kampung ini, iaitu kesinambungan dari SRK Pintasan.Pada 28 Januari 1974, Sekolah Kebangsaan Sungai Lokan telah ditubuhkan.
Buat permulaannya, Bangunan Balai Raya Kampung Sungai Lokan telah digunakan sebagai bangunan sekolah sementara. Sementara sebuah rumah guru juga telah dibina hasil gotong royong penduduk kampung Sungai Lokan. Segala kemudahan sekolah seperti meja dan bangku murid, almari atau alat-alat lain diambil dari SRK Pintasan. Bilangan kakitangan sekolah yang bertugas pada masa itu, ialah empat orang, seorang Guru Besar, dan tiga orang guru penolong.
Walaupun pada peringkat permulaannya Sekolah Rendah Kebangsaan Sungai Lokan masih menghadapi masalah kekurangan peralatan-peralatan sekolah, tetapi pengajaran dan pembelajaran berjalan dengan baik. Dalam rancangan pembangunan pendidikan di Kampung ini, Pihak Jabatan Pendidikan Sabah telah meluluskan satu projek bangunan sekolah yang dibiayai oleh Bank Dunia berjumlah RM 120, 000,00 (seratus dua puluh ribu). Projek tersebut mengandungi sebuah bangunan sekolah yang terdiri dari dua bilik dan sebuah bilik gerakan guru. Sebuah rumah guru juga termasuk dalam projek ini. Bangunan ini siap dibina pada tahun 1980 dan digunakan sebagai bangunan sekolah pada tahun itu juga.
Dengan adanya bangunan ini bergeraklah setapak lagi kemajuan pembangunan pendidikan di kampung ini. Walau bagaimanapun bangunan baru sekolah ini, tidaklah dapat menampung sepenuhnya keperluan pendidikan di kampung ini yang pada masa itu mengandungi 105 orang murid. Kesesakan bilik darjah dan kekurangan alat-alat pengajaran dan pembelajaran adalah masalah yang utama.
Walau bagaimanapun hal ini tidaklah berlarutan. Hasil rayuan PIBG kampung ini, bantuan Jabatan Pendidikan Sabah merupakan satu projek kilat berjumlah RM 94, 000,00 telah diluluskan untuk membinan bangunan tambahan Sekolah Kebangsaan Sungai Lokan. Projek ini mengandungi satu bangunan sekolah yang terdiri dari empat buah bilik darjah iaitu sebuah bilik gerakan, sebuah pejabat, dan sebuah bilik Guru Besar. Sebuah rumah guru yang mengandungi dua unit juga telah dibina untuk menampung kekurangan rumah guru. Begitu juga alat-alat sekolah dan rumah guru telah dibekalkan. Dengan ini masalah-masalah pendidikan di kampung ini telah dapat dikurangkan.
Hari ini Sekolah Kebangsaan Sungai Lokan telah mempunyai dua buah banguan yang mengandungi enam bilik darjah, sebuah bilik gerakan guru, sebuah ruang pejabat, sebuah bilik Guru Besar, sebuah bilik perpustakaan yang telah diubahsuai serta tiga unit rumah guru. Detik bersejarah yang menjadi catatan kenangan di sekolah ini ialah apabila Timbalan Pengarah Pendidikan Sabah, Encik Alwi Hj. Ahmad datang merasmikan sekolah ini pada 08 Oktober 1986. Dengan ini bertambahlah era kemajuan pendidikan di Sekolah Kebangsaan Sungai Lokan. Kini, keluasan keseluruhan SK Sg Lokan ialah 5.67 ekar bidang tanah yang terdiri daripada dua blok bangunan iaitu meliputi satu bangunan empat bilik darjah dengan satu bilik pusat sumber. Satu bangunan lagi terdiri daripada pejabat sekolah, pejabat guru besar, bilik guru-guru dan bilik pemulihan.
Sekolah ini mempunyai tiga buah rumah guru. Jumlah keseluruhan murid sekarang adalah seramai 46 orang dan sekolah ini adalah dikategorikan sebagai Sekolah Kurang Murid (SKM). Tenaga pengajar di sekolah ini adalah seramai 11 orang guru termasuk guru besar dan 1 orang kakitangan bukan mengajar.